Trên tuyến có 5 ga hàng hóa là Ngọc Hồi, Vũng Áng, Chu Lai, Vân Phong, Trảng Bom để phục vụ vận chuyển hàng hóa khi có nhu cầu. Trong đó Ngọc Hồi và Vũng Áng vừa là ga hành khách vừa là ga hàng hóa. Do đó xét tổng thể toàn tuyến, số lượng ga là 26. Dưới đây là vị trí dự kiến các ga:

Theo đơn vị tư vấn, khoảng cách giữa các ga đảm bảo cự ly tối thiểu khoảng 30 km. Tùy theo biểu đồ chạy của từng tàu để bố trí việc dừng đỗ tại các ga, không phải tàu nào cũng dừng đỗ tất cả ga.

Vị trí hướng tuyến và nhà ga đường sắt tốc độ cao được nghiên cứu phù hợp với hiện trạng, quy hoạch phát triển của địa phương. Ga được đặt tại khu trung tâm kinh tế, chính trị của địa phương, tiếp cận trung tâm đô thị, khu vực quy hoạch có tiềm năng tạo ra không gian phát triển mới, khai thác nguồn lực quỹ đất.

Từ Hà Nội đến TP HCM, hiện có 19 đô thị có quy mô 500.000 dân trở lên, trong đó có 2 đô thị đặc biệt và 17 đô thị loại 1, bảo đảm khả năng kết nối tốt với hệ thống giao thông công cộng và khai thác có hiệu quả hạ tầng.

Ô nhiễm nặng nhất ghi nhận tại trạm quan trắc đặt tại đường Giải Phóng, phường Bách Khoa, quận Hai Bà Trưng với chỉ số 223. Tại trạm số 556 Nguyễn Văn Cừ, quận Long Biên, AQI là 202.