Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch thực hiện chi lương, thu nhập theo quy chế chi tiêu nội bộ do trường ban hành. Việc chi thu nhập tăng thêm trên cơ sở đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ trong quý của viên chức, người lao động. Nguồn hình thành quỹ lương của trường từ các khác khoản thu hoạt động dịch vụ đào tạo đại học và sau đại học, khám chữa bệnh và các hoạt động khác.
Năm 2022 trường này trích lập quỹ cải cách tiền lương là 47,7 tỷ, phát triển hoạt động sự nghiệp là 39 tỷ, khen thưởng 2,8 tỷ, quỹ phúc lợi 18,2 tỷ, bổ sung thu nhập tăng thêm là 51 tỷ.
Trong khi đó, năm 2023 trường này trích lập quỹ cải cách tiền lương là 8,6 tỷ, phát triển hoạt động sự nghiệp là 25,3 tỷ, khen thưởng 1,6 tỷ, quỹ phúc lợi 19,5 tỷ, bổ sung thu nhập tăng thêm là 46,4 tỷ.